bakteri 1
bakteri E. Coli adalah bakteri penyebab keracunan makanan pada diare parah yang mampu mematikan bila menimpa pada balita dan tidak ditangani secara serius , bakteri ini bisa diubah menjadi bahan bakar dengan cara modifikasi genetika organisme bakteri mengembangbiakan E. Coli sebagai cara memproduksi bahan bakar organik untuk mesin diesel, bakteri E. Coli mengubah gula menjadi asam lemak , lemak bisa berubah menjadi molekul hidrokarbon ber unsur bahan bakar,.membutuhkan sedikitnya 100 liter bakteri E. Coli dan diproses satu hari untuk memperoleh satu sendok bahan bakar .bakteri E.Coli melipatgandakan diri nya tiap 20 menit,
BAKTERI
Bakteri dari kata Latin bacterium; jamak: bacteria yaitu organisme yang tidak mempunyai membran inti sel,organisme ini termasuk ke dalam domain prokariota dan berukuran sangat kecil (mikroskopik), berperan besar dibumi. beberapa bakteri sebagai penyebab penyakit, sedangkan lainnya memberikan manfaat, sruktur sel bakteri sederhana: tanpa nukleus /inti sel, kerangka sel, dan organel-organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. inilah perbedaan antara sel prokariot dengan sel eukariot yang lebih kompleks.
Bakteri bisa ditemukan di tanah, air, udara, dalam simbiosis dengan organisme lain maupun sebagai agen parasit (patogen), dalam tubuh manusia, bakteri berukuran 0,5-5 μm, namun ada bakteri yang berdiameter hingga 700 μm, yaitu Thiomargarita yang memiliki dinding sel, seperti sel tumbuhan dan jamur, namun dengan bahan pembentuk berbeda (peptidoglikan). Beberapa jenis bakteri bersifat motil mampu bergerak mobilitasnya ini disebabkan oleh adanya flagel,
Sejarah mikroskop pertama dibuat oleh Robert Hooke,
Bakteri sebagai organisme mikroskopik,sehingga sulit untuk dideteksi, terutama sebelum ditemukannya mikroskop. barulah sesudah abad ke-19 ilmu tentang mikroorganisme, terutama bakteri (bakteriologi), mulai berkembang. seiring perkembangan ilmu pengetahuan, masalah bakteri telah berhasil dipelajari berkat Robert Hooke, Antony van Leeuwenhoek, Ferdinand Cohn, dan Robert Koch. Istilah bacterium diperkenalkan oleh Ehrenberg pada tahun 1828, diambil dari kata Yunani βακτηριον (bakterion) yang memiliki arti "batang-batang kecil". pengetahuan tentang bakteri berkembang setelah penelitian yang dilakukan oleh Louis Pasteur, melahirkan cabang ilmu mikrobiologi yaitu bakteriologi sebagai cabang mikrobiologi yang mempelajari biologi bakteri,
Robert Hooke (1635-1703), ahli matematika dan sejarawan Inggris, menulis sebuah buku yang berjudul Micrographia pada tahun 1665 yang berisi hasil pengamatan yang dilakukan dengan menggunakan mikroskop sangat sederhana. namun, Robert Hooke belum melihat struktur bakteri. pada bukunya tampak hasil penemuannya tentang tubuh buah kapang sebagai deskripsi awal mikroorganisme,
Antony van Leeuwenhoek (1632—1723) sejaman dengan Robert Hooke, saat mikroskop masih sangat sederhana ,karena terinspirasi karya Robert Hooke, Antony van Leeuwenhoek merancang mikroskop sendiri untuk meneliti bakteri, dengan media alami, pada tahun 1684 Antoni van Leeuwenhoek berhasil menemukan bakteri untuk pertama kalinya di dunia , pada tahun 1676 hasil temuannya dikirimkan ke Royal Society of London yang kemudian dipublikasikan pada tahun 1684,
Ferdinand Cohn (1828-1898) seorang botanis Breslau ( Polandia). hasil penemuannya tentang bakteri yang resisten terhadap panas. ketertarikannya pada bakteri ini menghasilkan penemuan baru yaitu bakteri penghasil endospora yang resisten terhadap suhu tinggi, mampu menjelaskan siklus hidup bakteri Bacillus yang tahan panas , membuat klasifikasi bakteri sederhana dan mengembangkan metode mencegah kontaminasi pada kultur bakteri, seperti penggunaan kapas sebagai penutup pada labu takar, erlenmeyer, dan tabung reaksi. cara ini kemudian dipakai oleh ilmuwan Robert Koch,
Robert Koch (1843-1910), ahli fisika Jerman, peneliti penyakit penyakit yang disebabkan oleh bakteri ,Robert Koch awalnya hanya meneliti penyakit antraks yang menyerang hewan disebabkan oleh Bacillus anthracis, salah satu bakteri penghasil endospora. Robert Koch yang pertama berhasil mendapat isolat murni Mycobacterium tuberculosis, bakteri penyebab penyakit tuberkulosis ,Robert Koch berhasil membuat Postulat Koch, yaitu teori mikroorganisme spesifik untuk penyakit , menemukan metode untuk mendapatkan isolat murni dari bakteri. pemakaian media kultur padat untuk mengembangbiakan bakteri di luat habitat aslinya. awalnya ia memakai kentang kemudian dikembangkan dengan menggunakan nutrien gelatin. , nutrien gelatin masih mempunyai banyak kekurangan yang pada akhirnya digantikan dengan agar sejenis polisakarida yang diciptakan oleh istri Walter Hesse yang juga bekerja bersama Robert Koch,
STRUKTUR SEL
Seperti prokariot (organisme yang tidak mempunyai membran inti) , semua bakteri mempunyai struktur sel yang sederhana. karena tidak mempunyai membran inti, meteri genetik ( DNA dan RNA) maka bakteri melayang-layang di daerah sitoplasma yang bernama nukleoid. salah satu struktur bakteri adalah dinding sel. Bakteri dibagi dalam 2 kelompok berdasar struktur dinding selnya, yaitu bakteri Gram negatif dan bakteri Gram positif. Bakteri Gram positif memiliki dinding sel yang tersusun dari lapisan peptidoglikan (sejenis molekul polisakarida) yang tebal dan asam teikoat bakteri Gram negatif memiliki lapisan peptidoglikan yang lebih tipis dan mempunyai struktur lipopolisakarida yang tebal. Metode untuk membedakan kedua jenis ini ciptakan oleh ilmuwan Denmark, Hans Christian Gram pada tahun 1884.
Banyak bakteri mempunyai struktur di luar sel lainnya seperti flagela dan fimbria yang digunakan untuk bergerak, melekat dan konjugasi. beberapa bakteri mempunyai kapsul untuk melindungi sel bakteri dari kekeringan dan fagositosis, Struktur kapsul inilah yang sering kali menjadi faktor virulensi penyebab penyakit, seperti pada bakteri Escherichia coli dan bakteri Streptococcus pneumoniae. kebanyakan bakteri juga mempunyai kromosom, ribosom, granula makanan, vakuola gas, dan magnetosom. Beberapa bakteri membentuk menjadi endospora yang membuat bakteri dapat bertahan hidup di lingkungan ekstrem. bakteri Clostridium botulinum pemicu keracunan pada makanan kaleng ini penghasil endospora yang tahan suhu dan tekanan tinggi,
MORFOLOGI BAKTERI , berdasar bentuknya, bakteri dibagi menjadi 3 , yaitu:
Kokus (Coccus) adalah bakteri yang berbentuk bulat bola mempunyai variasi sebagai berikut:
Mikrococcus, jika kecil dan tunggal
Diplococcus, jka berganda dua-dua
Tetracoccus, jika bergandengan empat dan membentuk bujur sangkar
Sarcina, jika bergerombol membentuk kubus
Staphylococcus, jika bergerombol
Streptococcus, jika bergandengan membentuk rantai
Basil (Bacillus) adalah kelompok bakteri yang berbentuk batang atau silinder, dan mempunyai variasi sebagai berikut:
Diplobacillus, jika bergandengan dua-dua
Streptobacillus, jika bergandengan membentuk rantai
Spiral (Spirilum) adalah bakteri yang berbentuk lengkung dan mempunyai variasi sebagai berikut:
Vibrio, (bentuk koma), jika lengkung kurang dari setengah lingkaran (bentuk koma)
Spiral, jika lengkung lebih dari setengah lingkaran
Spirochete, jika lengkung membentuk struktur yang fleksibel.
Bentuk tubuh/morfologi bakteri dipengaruhi oleh keadaan lingkungan, medium, dan usia. Walaupun secara morfologi berbeda-beda, bakteri tetap merupakan sel tunggal yang dapat hidup mandiri bahkan saat terpisah dari koloninya.
ALAT GERAK
Banyak spesies bakteri yang bergerak menggunakan flagel. Bakteri yang tidak memiliki alat gerak biasanya hanya mengikuti pergerakan media pertumbuhannya atau lingkungan tempat bakteri berada. Sama seperti struktur kapsul, flagel juga dapat menjadi agen penyebab penyakit pada beberapa spesies bakteri. Berdasarkan tempat dan jumlah flagel yang dimiliki, bakteri dibagi menjadi 5 , yaitu:
1.Atrik, tidak memiliki flagel,
2.Monotrik, memiliki 1 flagel pada salah satu ujungnya,
3.Lofotrik, memiliki beberapa flagel pada salah satu ujungnya,
4.Amfitrik, memiliki 1 flagel pada kedua ujungnya,
5.Peritrik, memiliki flagel pada seluruh permukaan tubuhnya,
HABITAT
Bakteri sebagai mikroorganisme ubikuotus, yaitu banyak ditemukan di semua tempat , air, tanah, udara, daun, di dalam organisme hidup. total jumlah sel mikroorganisme yang ada muka bumi ini adalah 5x1030. Bakteri bisa ditemukan di dalam tubuh manusia, terutama di dalam saluran pencernaan yang jumlah selnya 10 x lipat lebih banyak dari jumlah total sel tubuh manusia,
bakteri termofilik Thermus aquaticus banyak diaplikasikan dalam bioteknologi.
banyak bakteri dalam saluran pencernaan manusia, terutama pada usus besar, seperti bakteri asam laktat dan kelompok enterobacter , bakteri Lactobacillus acidophilus , bakteri probiotik, yang menguntungkan sebab mencegah terbentuknya kanker usus besar. , bakteri ditemukan di permukaan kulit, mata, mulut, kaki manusia. ri dalam mulut dan kaki manusia ada kelompok bakteri metilotrof yang menggunakan senyawa karbon tunggal untuk menunjang pertumbuhannya. di dalam rongga mulut, bakteri metilotrof ini memakai senyawa dimetil sulfida untuk memicu bau pada mulut manusia,
mikroorganisme yang mampu hidup di lingkungan yang ekstrem menuntut adanya toleransi, mekanisme metabolisme, dan daya tahan sel ,seperti bakteri Thermus aquaticus yang hidup di air panas ber suhu 60-80 oC , bakteri Pseudomonas extremaustralis hidup di Antartika yang suhu nya di bawah 0 oC, bakteri Halobacterium salinarum dan Halococcus sp. hidup pada kaar garam ( NaCl) sangat tinggi (15-30%). beberapa jenis bakteri mampu hidup pada kadar gula tinggi (kelompok osmofil), kadar air rendah (kelompok xerofil), derajat keasaman pH sangat tinggi, dan rendah,
bakteri dapat bertahan hidup di dalam awan dengan ketingian 10 kilometer, tim peneliti menggunakan pesawat tua DC-8 yang dimodifikasi sebagai laboratorium terbang berhasil menggambil sampel bakteri pada nukleasi es awan badai bertahan dalam ionisasi awan,
faktor-faktor lingkungan yang berpengaruh pada pertumbuhan bakteri adalah suhu, kelembapan, dan cahaya. alat untuk melihat kesehatan sel bakteri dalam berbagai parameter faktor tersebut, seperti mikroskop optikal, mikroskop elektron, dan atomic force microscope (AFM),
Cahaya:
Cahaya mempengaruhi pertumbuhan bakteri, bakteri dan mikroorganisme dapat hidup pada paparan cahaya normal. ,paparan cahaya dengan intensitas sinar ultraviolet (UV) sangat tinggi mematikan bakteri. teknik pemakaian sinar UV, sinar x, dan sinar gamma untuk mensterilkan obyek dari bakteri dan mikroorganisme lainnya dinamakan teknik iradiasi sejak awal abad ke-20.. ini telah diaplikasikan secara luas untuk berbagai keperluan, terutama untuk sterilisasi makanan agar memiliki daya simpan dan daya tahan tinggi , bakteri patogen yang mampu dihambat dengan cahaya yaitu Escherichia coli 0157:H7 dan Salmonella ,
Radiasi:
Radiasi dengan kekuatan tertentu memicu kelainan pada makhluk hidup, termasuk bakteri. radiasi terlalu tinggi memicu penyakit hati akut, katarak, hipertensi, bahkan kanker. ada bakteri kelompok Deinococcaceae yang mampu bertahan dari paparan radiasi sangat tinggi, manusia tidak dapat bertahan pada paparan radiasi lebih dari 10 Gray (Gy, 1 Gy = 100 rad), sedangkan bakteri kelompok Deinococcaceae dapat bertahan hingga 5.000 Gy ,
paparan energi radiasi memicu mutasi gen dan putusnya rantai DNA. jika
terjadi pada intensitas yang tinggi, bakteri akan mati , namun bakteri Deinococcus radiodurans mampu bertahan dari perusakan materi genetik berkat sistem adaptasi dan adanya proses perbaikan rantai DNA ,
Suhu:
Suhu berperan mengatur jalannya reaksi metabolisme bagi semua makhluk hidup, termasuk bakteri, suhu yang terlalu tinggi dari suhu yang dapat ditoleransi akan memicu denaturasi protein dan komponen sel esensial lainnya sehingga sel akan mati. juga bila suhu lingkungan ada di bawah batas toleransi, membran sitoplasma tidak akan berwujud cair sehingga pengiriman nutrisi terhambat dan proses kehidupan sel akan terhenti. berdasarkan suhu aktivitasnya, bakteri dibagi menjadi 4 antaralain:
Bakteri psikrofil, yaitu bakteri yang hidup pada daerah suhu antara 0°– 30 °C, dengan suhu optimum 15 °C.
Bakteri mesofil, yaitu bakteri yang hidup di daerah suhu antara 15° – 55 °C, dengan suhu optimum 25° – 40 °C.
Bakteri termofil, yaitu bakteri yang dapat hidup di daerah suhu tinggi antara 40° – 75 °C, dengan suhu optimum 50 - 65 °C
Bakteri hipertermofil, yaitu bakteri yang hidup pada kisaran suhu 65 - 114 °C, dengan suhu optimum 88 °C.
Kelembaban relatif:
bakteri memerlukan kelembaban relatif (relative humidity, RH) yang tinggi, kira-kira 85%. Kelembaban relatif dapat didefinisikan sebagai kandungan air yang ada di udara. pengurangan kadar air dari protoplasma mengakibatkan proses metabolisme terhenti, misalnya pada proses pembekuan dan pengeringan. bakteri Escherichia coli akan mengalami penurunan daya tahan dan elastisitas dinding selnya saat RH lingkungan kurang dari 84%. Bakteri gram positif cenderung hidup di kelembaban udara yang lebih tinggi dibandingkan dengan bakteri gram negatif, terkait dengan perubahan struktur membran selnya yang mengandung lipid bilayer.
Keanekaragaman bakteri dan jalur metabolismenya memicu bakteri berperan dalam ingkungan. seperti bakteri saprofit yang menguraikan tumbuhan atau hewan yang telah mati ,bakteri ini menguraikan protein, karbohidrat dan senyawa organik lain menjadi CO2, gas amoniak, senyawa-senyawa yang lebih sederhana, bakteri saprofit antara lain Proteus dan Clostridium. beberapa kelompok bakteri saprofit juga menjadi patogen oportunis,
bakteri pengikat N2 Frankia alni , yang berasosiasi dengan tanaman membentuk bintil akar,
bakteri nitrifikasi bersifat kemolitotrof berperan dalam siklus nitrogen, yang mampu menyusun senyawa nitrat dari senyawa amonia yang pada umumnya berlangsung secara aerob di dalam tanah. Nitrifikasi terdiri atas dua tahap yaitu nitritasi (oksidasi amonia (NH4) menjadi nitrit (NO2-)) dan nitratasi (oksidasi senyawa nitrit menjadi nitrat (NO3)). dalam bidang pertanian, nitrifikasi menghasilkan senyawa yang dibutuhkan oleh tanaman yaitu nitrat. sesudah reaksi nitrifikasi selesai, akan terjadi proses dinitrifikasi yang dilakukan oleh bakteri denitrifikasi. Denitrifikasi adalah reduksi anaerobik senyawa nitrat menjadi nitrogen bebas (N2) yang lebih mudah diserap dan dimetabolisme oleh semua makhluk hidup. bakteri yang dapat melakukan metabolisme ini adalah Pseudomonas stutzeri , Pseudomonas aeruginosa, and Paracoccus denitrificans . Di samping itu, reaksi ini juga menghasilkan nitrogen dalam bentuk lain, seperti dinitrogen oksida (N2O). Senyawa tersebut ini berperan penting bagi hidup berbagai organisme, juga berperan dalam fenomena hujan asam dan rusaknya ozon. Senyawa N2O akan dioksidasi menjadi senyawa NO dan selanjutnya bereaksi dengan ozon (O3) membentuk NO2- yang akan kembali ke bumi dalam bentuk hujan asam (HNO2),
kelompok bakteri yang mampu bersimbiosis dengan akar tanaman penyuburan tanah. yang dinamakan bakteri pengikat nitrogen ( bakteri nitrogen) , mampu mengikat nitrogen terutaman N2 bebas di udara dan mereduksinya menjadi senyawa amonia (NH4) dan ion nitrat (NO3-) dengan bantuan enzim nitrogenase, bakteri ini bersimbiosis dengan tanaman kacang-kacangan untuk membentuk suatu simbiosis mutualisme berupa nodul ( bintil akar ) untuk mengikat nitrogen bebas di udara yang biasanya digunakan oleh mahluk hidup . kelompok bakteri ini adalah kelompok rhizobia, seperti genus bakteri Rhizobium, Bradyrhizobium , Mesorhizobium , Photorhizobium , dan Sinorhizobium . bakteri nitrogen yang hidup bersimbiosis dengan tanaman kacang kacangan yaitu Rhizobium leguminosarum , yang hidup di akar membentuk nodul ( bintil-bintil akar)
beberapa bakteri mampu melakukan proses fermentasi ,ini diterapkan pada pengolahan makanan. bahan pangan yang telah difermentasi akan memiliki masa simpan yang lebih lama, memberikan cita rasa baru ,beberapa makanan hasil fermentasi dan mikroorganismenya , antaralain:
produk : Bahan : Bakteri :
Sosis daging Pediococcus cerevisiae
Kefir susu Streptococcus lactis dan Lactobacillus bulgaricus
Yoghurt susu Streptococcus thermophilus dan Lactobacillus bulgaricus ,
Mentega susu Streptococcus lactis
Terasi ikan Lactobacillus sp.
Asinan buah Lactobacillus sp.
bakteri pengurai dan patogen berkembangbiak di dalam makanan, bakteri ini memetabolisme komponen komponen di dalam makanan kemudian menghasilkan metabolit sampingan yang bersifat racun.seperti bakteri Clostridium botulinum yang memproduksi racun botulinin, dalam makanan kalengan namun kini senyawa ini dipakai sebagai bahan dasar botox,
Beberapa contoh bakteri perusak makanan,antaralain:
bakteri Burkholderia gladioli (sin. Pseudomonas cocovenenans), memproduksi asam bongkrek, pada tempe bongkrek,
bakteri Leuconostoc mesenteroides , penyebab pembentukkan gas, pelendiran makanan, penurunan pH,
bakteri Ralstonia solanacearum penyebab layu pada tanaman tomat,
bakteri Erwinia carotovora penyebab busuk pada tanaman anggrek,
perkembangan patogennya, meluas mematikan titik tumbuh tanaman, bakteri patogen tanaman Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Swings et al. 1990) menyebabkan penyakit layu daun pada padi,( penyakit kresek) ,
bakteri Sclerotium rolsfii menyebabkan. penyakit busuk pangkal batang pada tanaman kedelai ,
bakteri Fusarium oxysporum f.sp. cubense (Foc) menyebabkan layu fusarium pada tanaman pisang. bakteri ini menganggu proses penyerapan, transportasi air , zat makanan di dalam tanah,
senyawa Antibiotik yaitu zat yang diproduksi oleh mikroorganisme , Antibiotik menghambat kegiatan kegiatan mikroorganisme sehingga digunakan untuk menyembuhkan penyakit. Beberapa bakteri yang menghasilkan antibiotik yaitu:
Penicillium, memproduksi antibiotik penisilin,
Bacillus polymyxa , memproduksi menghasilkan antibiotik polimiksin,
Streptomyces griseus , memproduksi antibiotik streptomisin,
Streptomyces aureofaciens , memproduksi antibiotik tetrasiklin,
Streptomyces venezuelae , memproduksi antibiotik kloramfenikol,
selain menjadi antibiotik, bakteri bisa menjadi patogen.
bakteri patogen Brucella abortus yang menyebabkan brucellosis pada sapi dan bakteri patogen Bacillus anthracis yang menyebabkan antraks.
bakteri patogen Xanthomonas oryzae yang menyebabkan pucuk batang padi mati,
bakteri patogen Erwinia amylovora yang menyebabkan buah-buahan busuk,
bakteri patogen Salmonella enterica subspesies I serovar Typhi yang menyebabkan penyakit tifus, bakteri patogen Mycobacterium tuberculosis yang menyebabkan penyakit TBC,
bakteri patogen Clostridium tetani yang menyebabkan penyakit tetanus.,
Dekomposisi:
Proses degradasi jasad makhluk hidup dilakukan oleh microorganisme, salah satunya adalah bakteri. bakteri heterotrof mendegradasi senyawa organik untuk menunjang pertumbuhan bakteri . proses dekomposisi ini dibantu oleh jenis enzim untuk memecah mecah makromolekul karbohidrat, protein, dan lemak, yang dipecah menjadi senyawa yang lebih sederhana. , enzim protease memecah protein menjadi senyawa lebih sederhana, seperti asam amino. Proses dekomposisi ini pengembalian unsur-unsur, terutama karbon dan nitrogen, ke alam untuk masuk ke dalam siklus lagi,
Dekomposisi jasad makhluk hidup dimulai dari bakteri yang ada di dalam tubuh manusia, dimulai dari jaringan-jaringan otot. Proses ini dipercepat saat tubuh manusia telah dikuburkan. proses pertama dalam dekomposisi ini adalah hidrolisis protein oleh protease yang membentuk asam amino. kemudian , asam amino diubah menjadi asam asetat, gas hidrogen, gas nitrogen, dan karbon dioksida hal ini mengakibatkan pH lingkungan turun menjadi 5. ini dilakukan oleh bakteri acetogen . di tahap akhir, semua senyawa diubah menjadi gas metana oleh metanogen,
Dalam pemberian antibiotik harus diketahui jenis bakterinya apakah Gram positif atau negatif. Di bawah ini adalah daftar bakteri nya;
Thiobacter (Gram -) Treponema (Gram -) Vibrio (gGram -) Yersinia (Gram -)
Rickettsia (Gram -) Salmonella (Gram -) Serratia (Gram -) Shigella (Gram -)
Acetobacter (Gram -) Borrelia (Gram -) Bortadella (Gram -) Burkholderia (Ggram -) Campylobacter (Gram -) Chlamydia (Gram -) Enterobacter (Gram -) Escherichia (Gram -) Fusobacterium (Gram -) Helicobacter (Gram -) Hemophilus (Gram -) Klebsiella (Gram -) Legionella (Gram -) Leptospiria (Gram -) Neisseria (Gram -) Nitrobacter (Gram -) Proteus (Gram -) Pseudomonas (Gram -)
Nocardia (Gram +) Propionibacterium (Gram +) Staphylococcus (Gram +) Streptococcus (Gram +) Streptomyces (Gram +)
Actinomyces (Gram +) Bacillus (Gram +) Clostridium (Gram +) Corynebacterium (Gram +) Enterococcus (Gram +) Gardnerella (Gram +) Lactobacillus (Gram +) Listeria (Gram +) Mycobacterium (Gram +) Mycoplasma (Gram +)
Gram positif :
Actinobacteria,Firmicutae,Tenericutae (tanpa dinding)
Gram negatif :
Gemmatimonadetae,Nitrospirae,Proteobacteria,
Spirochaetae,Synergistae,Aquificae,Bacteroidetae / Chlorobia,
Chlamydiae/ Verrucomicrobia,Deinococcus-Thermus,Fusobacteria
Tidak diketahui :
Deferribacterae,Dictyoglomi,Fibrobacteria,Planctomycota,
Thermodesulfobacteria,Thermotogae,Acidobacteria,Chloroflexiae,
Chrysiogenetae Cyanobacteria,
BAKTERI STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
Klasifikasi ilmiah
Domain:Bacteria,Filum: Firmicutes,Kelas:Cocci,Ordo:Lactobacillales,
Famili: Streptococcaceae,Genus:Streptococcus,
Spesies:S. pneumoniae,
Streptococcus pneumoniae, atau pneumokokus, yaitu anggota dari genus Streptococcus yang Gram-positif, alfa-hemolitik (dalam kondisi aerob) atau beta-hemolitik (dalam kondisi anaerob), dan anaerob fakultatif. ini bakteri patogen pada manusia yang signifikan, S. pneumoniae sebagai penyebab pneumonia ,
S. pneumoniae hidup tanpa memicu gejala di nasofaring dari manusia yang sehat. rongga hidung,saluran pernapasan, sinus bagian dari tubuh inang yang terinfeksi rentan dialami pasien lanjut usia , penderita imunodefisiensi dan pasien anak-anak, bakteri bisa menjadi patogen, menyebar memicu penyakit , S. pneumoniae memicu community acquired pneumonia dan meningitis , S. pneumoniae memicu septikemia pada orang yang terinfeksi HIV. ,ditularkan lewat bersin, batuk,
atau menyentuh pengidap,
banyak jenis infeksi yang memicu pneumokokus seperti penyakit pneumokokus invasif antaralain: perikarditis, selulitis, abses otak,bronkitis, rinitis, sinusitis akut, otitis media, konjungtivitis, meningitis, bakteremia, sepsis, osteomielitis, artritis septik, endokarditis, peritonitis,
S. pneumoniae bersama dengan Neisseria meningitidis pemicu penyakit meningitis bakteri , S. pneumoniae salah satu dari dua isolat yang ditemukan pada infeksi telinga, otitis media. penyakit Pneumonia pneumokokus dialami pasien lanjut usia,
S. pneumoniae dapat dibedakan dari viridans streptococci, beberapa di antaranya alfa-hemolitik, menggunakan tes optochin S. pneumoniae sensitif optochin ,
S. pneumoniae dibedakan berdasarkan sensitivitasnya terhadap lisis oleh empedu, (uji kelarutan empedu) . Bakteri kokoid, Gram-positif, dan berkapsul ini mempunyai morfologi yang khas pada pewarnaan Gram, diplokokus berbentuk lanset. ini mempunyai kapsul polisakarida yang bertindak sebagai faktor virulensi untuk organisme ini;
BAKTERI HELICOBACTER PYLORI
Klasifikasi ilmiah
Domain: Bacteria,.Filum: Proteobacteria,Kelas: Epsilonproteobacteria,
Ordo: Campylobacterales,Famili: Helicobacteraceae,Genus:Helicobacter,
Spesies:H. pylori,
Helicobacter pylori, atau Campylobacter pylori, yaitu bakteri mikroaerofil Gram-negatif yang ada di lambung ini ditemukan oleh ilmuwan Australia Robin Warren dan Barry Marshall pada 1982 , bakteri ini dialami penderita gastritis dan ulkus peptikum kronis, H. pylori terkait dengan ulkus duodenum dan kanker lambung, kebanyakan pasien yang terinfeksi dengan bakteri ini tidak merasakan gejala,
kebanyakan mahluk hidup memiliki H. pylori di saluran pencernaan bagian atas ,
heliks H. pylori ini (telah berevolusi untuk menembus lapisan bermukus perut,
pasien yang terinfeksi H. pylori tidak pernah mengalami gejala atau komplikasi,
Infeksi mungkin muncul sebagai gastritis akut dengan gejala sakit perut atau mual. bila ini berkembang menjadi gastritis kronis, maka gejalanya sakit perut, mual, kembung, bersendawa, muntah ,
pasien yang terinfeksi H. pylori mengidap ulkus peptikum dan kanker lambung, Peradangan pada antrum pilorus lebih cenderung memicu ulkus duodenum, radang corpus (tubuh lambung) cenderung memicu tukak lambung dan karsinoma lambung. , H. pylori berpengaruh di tahap pertama yang mengarah ke peradangan kronis namun tidak di tahap lebih lanjut yang mengarah ke karsinogenesis. mengatasi H. pylori mampu mengurangi risiko kanker lambung pada orang yang terinfeksi sebelumnya,
H. pylori telah dikaitkan dengan polip kolorektal , kanker kolorektal dan penyakit mata.
gejala ulkus seperti mual, muntah, dan kehilangan nafsu makan. perdarahan berkepanjangan dapat memicu anemia yang menyebabkan rasa lemah bila perdarahan berat, akan terjadi hematemesis, hematochezia, melena ,
Fisiologi:
H. pylori adalah mikroaerofi yang memelukan oksigen, namun pada konsentrasi lebih rendah daripada di atmosfer. H. pylori mengandung hidrogenase yang dapat menghasilkan energi dengan mengoksidasi hidrogen molekuler (H2) yang dibuat oleh bakteri usus. H. pylori menghasilkan urease ,oksidase, katalase,
seperti bakteri Gram negatif lainnya, membran luar H. pylori terdiri dari fosfolipid dan lipopolisakarida (LPS). Antigen O dari LPS dapat difukosilasi dan meniru antigen golongan darah Lewis yang ditemukan di epitel lambung. membran luar juga mengandung glukosida kolesterol, yang terdapat pada beberapa bakteri lainnya.
H. pylori memiliki 5 famili protein membran luar utama. Famili terbesar meliputi adhesin yang sudah dikenal dan putatif. Keempat famili lainnya adalah protein yang tidak diketahui fungsinya, porin, transporter besi, protein terkait flagela,
H. pylori yaitu bakteri Gram negatif berbentuk heliks ( sebagai batang melengkung, bukan spiroket) panjangnya 3 μm , diameter 0.5 μm. H. pylori dapat diterapkan di jaringan pada mikroskop fase-kontras dengan pewarnaan oranye akridin, pewarnaan Gram , pewarnaan Giemsa, pewarnaan hematoksilin-eosin, pewarnaan perak Warthin-Starry,
H. pylori membentuk biofilm dapat berubah dari bentuk spiral menjadi kokoid yang viabel namun tidak dapat dikultur,
H. pylori memiliki 4 sampai 6 flagela di tempat yang sama; semua spesies Helicobacter lambung dan enterohepatik sangat motil karena mempunyai flagela, Filamen flagelar karakteristik dari Helicobacter terdiri dari 2 flagelin yang dapat dikopolimerisasi, FlaA dan FlaB,
BAKTERI ESCHERICHIA COLI
Klasifikasi ilmiah
Domain: Bacteria, Filum: Proteobacteria, Kelas: Gammaproteobacteria
Ordo: Enterobacteriales, Famili: Enterobacteriaceae, Genus: Escherichia
Spesies: E. coli
Escherichia coli, atau E. coli, adalah salah satu jenis spesies utama bakteri gram negatif. ini ditemukan oleh Theodor Escherich dalam usus besar manusia, E. Coli tidak berbahaya, tetapi E. Coli tipe O157:H7, memicu keracunan makanan ,diare berdarah karena eksotoksin yang dihasilkan bernama verotoksin. Toksin ini menghilangkan satu basa adenin dari unit 28S rRNA, sehingga menghentikan sintesis protein. bakteri ini ada dalam daging merah mentah murah yang belum masak, E. Coli yang tidak berbahaya mampu membantu manusia memproduksi vitamin K2, mencegah bakteri lain di dalam usus, E. coli digunakan dalam teknologi rekayasa genetika. sebagai vektor untuk menyisipkan gen-gen tertentu yang diinginkan untuk dikembangkan. E. coli pertumbuhan E. coli sangat cepat dan mudah dalam penanganannya,
BAKTERI SALMONELLA
Klasifikasi ilmiah
Kingdom: Bacteria ,Filum: Proteobacteria,Kelas: Gamma Proteobakteria
Ordo: Enterobakteriales,Famili: Enterobakteriakceae,Genus: Salmonella
Salmonella yaitu genus bakteri enterobakteria gram-negatif berbentuk tongkat yang menyebabkan penyakit tifus, tifoid, paratifod, foodborne,makanan beracun,
Salmonella bergerak bebas menghasilkan hidrogen sulfida. Salmonella ditemukan dinamai dari Daniel Edward Salmon, ahli patologi Amerika, sebenarnya, temannya Theobald Smith dengan hasilnya karnyanya yaitu anafilaksis yang pertama kali menemukan bakterium tahun 1885 pada tubuh babi, serotipe Salmonella menyebabkan penyakit pada organ pencernaan. penyakit yang disebabkan oleh Salmonella dinamakan salmonellosis. gejala salmonellosis yaitu diare, keram perut, demam, sakit kepala, mual dan muntah-muntah 72 jam, setelah mengonsumsi makanan yang terkontaminasi Salmonella. 3 serotipe dari jenis S. enterica adalah Salmonella typhi, Salmonella typhimurium, dan Salmonella enteritidis,Salmonella typhi menyebabkan penyakit demam tifus (Typhoid fever), karena bakteri masuk ke dalam pembuluh darah , gastroenteritis disebabkan oleh keracunan makanan/intoksikasi , Salmonella typhi hanya menyerang manusia saja ,Infeksi Salmonella berakibat fatal kepada semua pasien ini disebabkan karena kekebalan tubuh mereka yang menurun. Salmonella bisa dicegah dengan cara mencuci tangan dan menjaga kebersihan ,
BAKTERI STRAPHYLOCOCCUS AUREUS
Klasifikasi ilmiah
Domain: Bacteria ,Kingdom: Eubacteria,Filum:Firmicutes,Kelas:Bacilli
Ordo: Bacillales,Famili: Staphylococcaceae
Genus: Staphylococcus, Spesies: S. aureus
Staphylococcus aureus yaitu bakteri gram positif yang memproduksi pigmen kuning, bersifat anaerob fakultatif, tidak memproduksi spora , tidak motil, tumbuh berpasangan , diameter 0,8-1,0 µm. ,tumbuh pada suhu 37oC , waktu pembelahan 0,47 jam , bakteri ini mikroflora normal manusia. Bakteri ini ada di saluran pernapasan atas dan kulit jarang menyebabkan penyakit hanya sebagai karier , Infeksi terjadi saat resistensi inang melemah karena perubahan hormon; penyakit, luka, atau steroid yang memengaruhi imunitas sehingga terjadi pelemahan inang,
Infeksi bakteri diasosiasikan dengan beberapa patologi, seperti bisul, jerawat, pneumonia, meningitis, arthritits yang bernanah, bakteri ini disebut piogenik.
bakteri ini menghasilkan katalase, yaitu enzim yang mengkonversi H2O2 menjadi H2O dan O2, dan koagulase, enzim yang menyebabkan fibrin berkoagulasi dan menggumpal. Koagulase diasosiasikan dengan patogenitas karena penggumpalan fibrin yang disebabkan oleh enzim ini terakumulasi di sekitar bakteri sehingga agen pelindung inang kesulitan mencapai bakteri dan fagositosis terhambat,
Mikrobiologi:
bakteri ini termasuk bakteri osmotoleran, yaitu bakteri yang dapat hidup di lingkungan rentang konsentrasi zat terlarut ( garam) , dapat hidup pada konsentrasi NaCl sekitar 3 Molar. Habitat alami bakteri ini pada manusia adalah di daerah kulit, hidung, mulut, usus besar, di mana pada keadaan sistem kekebalan normal, bakteri ini tidak bersifat patogen (mikroflora normal manusia),
Leukocidin:
Toksin ini mematikan leukosit sel inang.
Exfoliatin:
Exfoliatin termasuk dalam superantigen juga, menyebabkan sindrom kulit melepuh pada anak-anak,
Protein A:
Letak protein A ada pada dinding sel bakteri ini dan dapat mengganggu sistem imun inang dengan mengikat antibodi immunoglobin G (IgG).
Eksotoksin sitolitik:
α-toksin, β-toksin, γ-toksin, dan δ-toksin menyerang membran sel mamalia. α-toksin, β-toksin, dan δ-toksin dapat menyebabkan hemolisis. δ-toksin juga memicu leukolisis sel inang. γ-toksin memicu matinya sel inang,
Enterotoksin:
Enterotoksin memicu keracunan makanan. Enterotoksin yaitu superantigen yang lebih stabil pada suhu panas jika dibandingkan dengan S. aureus. enterotoksin (A, B, C, D, dan E) menginduksi diare, muntah dan shock.
Resisten penisilin:
Hampir semua isolat S. aureus resisten terhadap penisilin G. ini disebabkan oleh keberadaan enzim β-laktamase yang merusak struktur β-laktam pada penisilin, Untuk mengatasi hal ini, dapat digunakan penisilin yang bersifat resisten β-laktamase, seperti oksasilin atau nafcillin ,
Faktor Virulensi Koagulase:
bakteri ini menghasilkan enzim koagulase untuk menggumpalkan fibrinogen di dalam plasma darah sehingga bakteri ini terlindung dari fagositosis dan respon imun lain dari inang,
BAKTERI LACTOBACILLUS
Klasifikasi ilmiah
Kingdom:Bacteria,Divisi:Firmicutes,Kelas:Bacilli,Ordo:Lactobacillales
,Famili: Lactobacillaceae,Genus:Lactobacillus
Spesies:
L. acetotolerans,L. acidifarinae,L. acidipiscis,L. acidophilus,L. agilis,L. algidus,L. alimentarius,L. amylolyticus,L. amylophilus,L. amylotrophicus,L. amylovorus,
L. animalis,L. antri,L. apodemi,L. aviarius,L. bifermentans,L. brevis,L. buchneri,L. camelliae,L. casei,L. catenaformis,L. ceti,L. coleohominis,L. collinoides,L. composti,L. concavus,L. coryniformis,L. crispatus,L. crustorum,L. curvatus,L. delbrueckii subsp. delbrueckii,L. delbrueckii subsp. bulgaricus,L. delbrueckii subsp. lactis,L. dextrinicus,L. diolivorans,L. equi,L. equigenerosi,L. farraginis,L. farciminis,L. fermentum,L.fornicalis,L. fructivorans,L. frumenti,L. fuchuensis,L. gallinarum,L. gasseri,L. gastricus,L. ghanensis,L. graminis,L. hammesii,L. hamsteri,L. harbinensis,L. hayakitensis,L. helveticus,L. hilgardii,L. homohiochii,
L. iners,L. ingluviei,L. intestinalis,L. jensenii,L. johnsonii,L. kalixensis,L. kefiranofaciens,L. kefiri,L. kimchii,L. kitasatonis,L. kunkeei,L. leichmannii,
L. lindneri,L. malefermentans,L. mali,L. manihotivorans,L. mindensis,
L. mucosae,L. murinus,L. nagelii,L. namurensis,L. nantensis,L. oligofermentans,L. oris,L. panis,L. pantheris,L. parabrevis,L. parabuchneri,L. paracollinoides,
L. parafarraginis,L. parakefiri,L. paralimentarius,
L. paraplantarum,L. pentosus,L. perolens,L. plantarum,L. pontis,L. psittaci,L. rennini
,L. reuteri,L. rhamnosus,L. rimae,L. rogosae,L. rossiae,L. ruminis,L. saerimneri,L. sakei,L. salivarius,L. sanfranciscensis,L. satsumensis,L. secaliphilus,L. sharpeae,L. siliginis,L. spicheri,L. suebicus,L. thailandensis,L. ultunensis,L. vaccinostercus,L. vaginalis,L. versmoldensis,L. vini,L. vitulinus,L. zeae,L. zymae,
Lactobacillus yaitu genus bakteri gram-positif , anaerobik fakultatif atau mikroaerofilik. produksi asam laktatnya membuat lingkungan bersifat asam mengganggu pertumbuhan bakteri merugikan. Beberapa anggota genus ini telah memiliki genom sendiri,Genus bakteri ini membentuk sebagian besar dari kelompok bakteri asam laktat, sebab anggotanya dapat mengubah laktosa dan gula menjadi asam laktat. bakteri ini tidak berbahaya , bakteri ini ditemukan di dalam vagina dan sistem pencernaan mereka bersimbiosis sebagian kecil dari flora usus. Lactobacillus dapat membusukkan materi tanaman ,
Lactobacillus spp. dan bakteri asam laktat sebagai pengobatan rasa nyeri, anti-kanker, anti-tumor, pengaturan asupan makanan membantu tubuh bertahan dari risiko jenis kanker ,volum dan kemampuan membelah yang dirangsang berbagai zat karsinogen. beberapa jenis bakteri menurunkan formasi ikatan ADN, memperbaiki kerusakan ADN dan mencegah lesi yang putatif preneoplastik, seperti abberant crypt foci yang dirangsang zat kimia karsinogen di sistem pencernaan. beberapa kultur yang diberikan pada hewan menghambat tumor hati, usus besar, anus, dan kelenjar susu, menekankan potensi efek sistemis dari probiotik dengan aktivitas anti-neoplastik.
Lactobacillus untuk membuat makanan hasil fermentasi yogurt, keju, sauerkraut, acar, bir, anggur , cuka, kimchi, cokelat, terasi ,pakan hewan silase. roti adonan asam, dibuat dengan kultur simbiotik antara ragi dengan bakteri asam laktat yang berkembang di media pertumbuhan air dan tepung. L. casei dan L. brevis , membusukkan bir. dengan menurunkan pH bahan fermentasinya dengan membentuk asam laktat,
Laktobasili untuk mengembalikan keseimbangan fisiologis tertentu seperti ekosistem vagina ( Ginoflora). Peran Laktobasili secara fisis melindungi epitelium vagina dengan membangun lapisan tebal yang memisahkan epitelium dengan patogen, membentuk hidrogen peroksida yang melawan patogen.secara fisiologis menjaga keseimbangan ekosistem vagina dengan mempertahankan pH pada ~4,5 dan ,
Metabolisme:
Banyak laktobasili bekerja secara metabolisme homofermentatif (hanya membentuk asam laktat dari gula, bandingkan dengan laktobasili heterofermentatif yang dapat membentuk alkohol atau asam laktat dari gula) dan juga aerotoleran, walaupun tak memiliki sama sekali rantai pernapasan. Aerotoleransi ini bergantung pada mangan dan telah diteliti sebagai Lactobacillus plantarum . Banyak Lactobacillus tidak memerlukan besi untuk pertumbuhan dan memiliki toleransi hidrogen peroksida yang sangat tinggi.
Taksonomi:
Genus Lactobacillus terdiri dari lebih dari 125 spesies dan mencakup jenis organisme yang luas. Genus ini polifiletik dengan genus Pediococcus membagi kelompok L. casei, dan spesies L. acidophilus , L. salivarius , dan L. reuteri menjadi perwakilan dari tiga subclade yang berbeda. Genus Paralactobacillus termasuk di dalam kelompok L. salivarius. Dalam beberapa tahun ini, anggota lain dari genus Lactobacillus ( dikenal dengan cabang Leunocostoc dari Lactobacillus) telah diklasifikasi ulang ke dalam genera Atopobium , Carnobacterium , Weissella , Oenococcus , dan Leuconostoc. akhir-akhir ini, P. dextrinicus , yang merupakan spesies Pediococcus, telah telah diklasifikasi ulang sebagai spesies Lactobacillus ,
beberapa spesies Lactobacillus telah diasosiasikan dengan karies gigi. jumlah Lactobacillus pada air ludah digunakan sebagai acuan dalam "tes karies" ini adalah satu dari banyak argumen untuk mendukung penambahan fluorida (F-) pada pasta gigi ,
berdasar dari metabolismenya, spesies Lactobacillus dibagi menjadi 3 kelompok:
Homofermentatif obligat (Kelompok I)
L. helveticus , L. salivariusL. acidophilus, L. delbrueckii ,
Heterofermentatif fakultatif (Kelompok II)
L. plantarum , L. sakeiL. casei , L. curvatus ,
Heterofermentatif obligat (Kelompok III)
L. fermentum , L. reuteri,L. brevis , L. buchneri,
BAKTERI STREPTOCOCCUS
Klasifikasi ilmiah
Domain:Bacteria,Filum: Firmicutes,Kelas:Bacilli,Ordo: Lactobacillales,
Famili: Streptococcaceae, Genus:Streptococcus,
Species:
S. agalactiae,S. anginosus,S. bovis,S. canis,S. constellatus,S. downei,S. dysgalactiae,S. equinus,S. ferus,S. infantarius,S. iniae,S. intermedius,S. milleri,S. mitis,S. mutans,
S. oralis,S. orisratti,S. parasanguinis,S. peroris,S. pneumoniae,S. pseudopneumoniae,S. pyogenes,S. ratti,S. salivarius,S. tigurinus,S. thermophilus,S. sanguinis,S. sobrinus,S. suis,S. uberis,S. vestibularis,S. viridans,S. zooepidemicus,
Streptococcus yaitu salah satu genus dari bakteri nonmotil yang mengandung sel gram positif, ada di bagian mulut, usus manusia ,usus hewanberbentuk buat, oval dan membentuk rantai pendek, panjang atau berpasangan. tidak membentuk spora,digunakan untuk fermentasi makanan dan minuman, Spesies bakteri Streptococcus yang bersifat patogen dapat memicu penyakit seperti erisipelas, radang tenggorokan, endokarditis,pneumonia, meningitis, necrotizing fasciitis,
bakteri ini jadi bahan pembuatan keju dan yogurt.
berdasarkan kombinasi sifat antigen, hemolitik dan fisiologisnya, genus banteri ini dibagi menjadi grup A, B, C, D, F, dan G. Grup A dan D ditularkan pada manusia melalui makanan. Grup A terdiri dari satu spesies dengan 40 tipe antigen. Spesies dari grup A tersebut adalah S. pyogenes, Klasifikasi bakteri dari genus Streptococcus disusun berdasarkan sifat-sifat hemolitik yang dimiliki yaitu Streptococcus hemolitik alpha, hemolitik beta, dan hemolitik gamma.
BAKTERI PSEUDOMONAS AERUGINOSA
Klasifikasi ilmiah
Kingdom: Bacteria,Filum: Proteobacteria,Kelas: Gamma Proteobacteria,
Ordo: Pseudomonadales,Famili: Pseudomonadaceae,
Genus: Pseudomonas, Spesies: Pseudomonas aeruginosa,
Sinonim:
Bacillus aeruginosus (Schroeter 1872) Trevisan 1885,
Bacillus pyocyaneus (Zopf 1884) Flügge 1886,
Pseudomonas pyocyanea (Zopf 1884) Migula 1895,
Bacterium pyocyaneum (Zopf 1884) Lehmann and Neumann 1896,
Pseudomonas polycolor Clara 1930,
Pseudomonas vendrelli nomen nudum 1938,
Bacterium aeruginosum Schroeter 1872,
Bacterium aeruginosum Cohn 1872,
Micrococcus pyocyaneus Zopf 1884,
Tipe keturunan:
LMG 1242,NBRC 12689,NCCB 76039,NCIMB 8295,NCTC 10332,
NRRL B-771,VKM B-588,ATCC 10145,CCUG 551,CFBP 2466,CIP 100720,
DSM 50071,JCM 5962,
Pseudomonas aeruginosa yaitu bakteri gram negatif aerob obligat, bakteri ini tidak dapat menfermentasikan karbohidrat,berkapsul,Bakteri ini ada di tanah, air, tanaman, dan hewan, mempunyai flagella polar , bakteri ini bersifat motil, berukuran 0,5-1,0 µm, bakteri ini tidak memproduksi spora ,pada uji biokimia, bakteri ini menghasilkan dampak positif pada uji indol, Merah Metil, dan Voges-Proskauer.
P. aeruginosa adalah patogen oportunistik pemicu infeksi pneumonia nosokomial,
saat bakteri ini ditumbuhkan pada media yang sesuai, bakteri ini memproduksi pigmen nonfluoresen berwarna kebiruan, piosianin. Beberapa strain Pseudomonas menghasilkan pigmen fluoresen berwarna hijau, yaitu pioverdin. bakteri ini dipakai untuk mendegradasi zat - zat pestisida,
BAKTERI BACILLUS SUBTILLIS
Klasifikasi ilmiah
Domain:.Bacteria,Filum:.Firmicutes,Kelas:Bacilli,
Ordo: Bacillales,Famili:Bacillaceae,Genus:Bacillus,
Spesies:B. subtilis,
B. subtilis dianggap sebagai ekuivalen Gram-positif dari Escherichia coli, suatu bakteri Gram-negatif yang diteliti ,B. subtilis diadopsi sebagai organisme model untuk penelitian terutama dari sporulasi, ini merupakan contoh sederhana dari diferensiasi seluler, Bacillus subtilis sebagai bakteri Gram-positif, berbentuk batang dan katalase -positif. Bakteri ini pada awalnya dinamai Vibrio subtilis oleh Christian Gottfried Ehrenberg, dan dinamai ulang menjadi Bacillus subtilis oleh Ferdinand Cohn pada tahun 1872 (subtilis adalah bahasa Latin untuk 'baik'). Sel B. subtilis berbentuk batang, dengan panjang 4-10 mikrometer (μm) dan diameter 0,25-1,0 μm, dengan volume sel sekitar 4,6 fL di fase stasioner. Seperti bakteri lain dari genus Bacillus, B. subtilis dapat membentuk endospora, untuk bertahan hidup dalam kondisi lingkungan yang ekstrim dari suhu dan pengeringan. B. subtilis adalah anaerob fakultatif dan telah dianggap sebagai aerob obligat sampai 1998. B. subtilis mempunyai banyak flagela untuk bergerak cepat dalam cairan. B. subtilis manipulasi genetik, Bacillus globigii sebagai Bacillus atrophaeus , B. subtilis secara historis diklasifikasikan sebagai aerob obligat, bakteri ini juga anaerob fakultatif,
B. subtilis sebagai bakteri Gram-positif yang dipelajari paling baik dan organisme model untuk mempelajari replikasi kromosom bakteri dan diferensiasi sel. Bakteri ini adalah salah satu bakteri dalam produksi enzim yang disekresikan oleh perusahaan bioteknologi, Bacillus subtilis, sebagai hay bacillus or grass bacillus, Bacillus subtilis adalah bakteri Gram-positif, katalase -positif, ada di dalam tanah dan saluran pencernaan ruminansia dan manusia. anggota genus Bacillus, B. subtilis berbentuk batang, dan dapat membentuk endospora pelindung yang keras, untuk mentoleransi kondisi lingkungan yang ekstrim.
BAKTERI TREPONEMA PALLIDUM
Klasifikasi ilmiah
Kingdom:Bacteria,Filum:Spirochaetae,Kelas:Spirochaetae,
Ordo: Spirochaetales,Famili: Spirochaetaceae,Genus:Treponema,
Spesies:T. pallidum,
Treponema pallidum salah satu bakteri anggota filum Spirochaetae. bakteri ini berbentuk spiral. ada 4 subspesies yang sudah ditemukan, yaitu Treponema pallidum endemicum Treponema pallidum pallidum, Treponema pallidum pertenue, Treponema pallidum carateum,
Treponema pallidum pallidum penyebab sifilis pada manusia,
Treponema pallidum pallidum yaitu bakteri yang motil (dapat bergerak), yang menginfeksi melalui kontak seksual langsung, masuk ke dalam tubuh inang melalui celah di antara sel epitel. bakteri ini dapat ditularkan kepada janin melalui jalur transplasental selama masa-masa akhir kehamilan.
treponema pallidum pallidum yaitu bakteri yang memiliki genom bakteri terkecil pada 1,14 juta pasangan basa (Mb) dan memiliki kemampuan metabolisme yang terbatas, bakteri ini mampu beradaptasi dengan berbagai macam jaringan tubuh mamalia, Struktur tubuh bakteri ini yang berupa heliks memungkinkan Treponema pallidum pallidum bergerak dengan pola gerakan yang khas untuk bergerak di dalam medium kental seperti lendir (mucus). bakteri ini mampu mengakses sistem peredaran darah dan getah bening inang melalui jaringan dan membran mucosa,
belum ada vaksin untuk sifilis pada tahun 2015. membran luar T. pallidum mempunyai terlalu sedikit protein permukaan untuk antibodi agar efektif. usaha- mengembangkan vaksin sifilis terhalangi oleh ketidakpastian kepentingan relatif dari mekanisme humoral dan seluler terhadap imunitas protektif, dan karena protein membran luar T. pallidum belum diidentifikasi secara tidak ambigu,
bentuk T. pallidum adalah bergelombang rata , tidak seperti spirochete lainnya, yang berbentuk heliks.17 Juli 1998 ahli biologi mensekuensing genom dari T. pallidum. Sekuensing baru-baru ini dari genom beberapa spirochete memungkinkan analisis menyeluruh dari persamaan dan perbedaan dalam filum bakteri ini. T. p. pallidum memiliki satu dari genom bakteri terkecil pada 1,14 juta pasang basa, dan mempunyai kemampuan metabolisme terbatas, mencerminkan adaptasinya melalui reduksi genom terhadap lingkungan yang kaya dari jaringan mamalia.
BAKTERI CYANOBACTERIA
Klasifikasi ilmiah
Domain:Bacteria,Kingdom:Eubacteria,Filum:Cyanobacteria,
Sinonim:
Schizophyceae Cohn, 1879,Cyanophyta Steinecke, 1931,
Oxyphotobacteria Gibbons & Murray, 1978,Myxophyceae Wallroth, 1833,
Phycochromaceae Rabenhorst, 1865,Cyanophyceae Sachs, 1874,
Cyanobacteria atau Cyanophyta atau sianobakteri yaitu filum bakteri yang memperoleh energinya melalui fotosintesis,
sianobakteri menghasilkan gas oksigen sebagai hasil sampingan fotosintesis, sianobakteri telah mengubah atmosfer tipis pada awal pembentukan bumi menjadi atmosfer yang teroksidasi, mengakibatkan "perkaratan besar-besaran di Bumi" dan Peristiwa Oksigenasi Besar telah mengubah komposisi bentuk kehidupan di Bumi dengan menstimulasi biodiversitas dan menjadikan organisme anaerobik punah, pada teori endosimbiotik, kloroplas yang ditemukan pada tumbuhan dan alga eukariotik adalah evolusi dari nenek moyang cyanobacteria melalui endosimbiosis,
Sianobakteria sebagai mikroorganisme tersukses di Bumi. sebab secara genetik mempunyai banyak variasi, dapat hidup di berbagai macam habitat di seluruh penjuru bumi, tersebar di garam , teluk air tawar,air ,air laut ,darat, di relung terektstrem di seperti sumber air panas,
ekologi:
Sianobakteria ditemukan pada habitat terestrial dan akuatik laut, air tawar, tanah lembab, batu yang untuk sementara terkena air di gurun-gurun, batu cadas , tanah di pegunungan, bebatuan di Antartika. Sianobakteria sebagai sel-sel planktonik atau membentuk biofilm fototropis (koloni). Sianobakteria ditemukan di semua ekosistem endolithik. beberapa bakteri ini sebagai organisme endosimbiosis pada liken, tanaman, bermacam-macam protista, atau spons laut dan menyediakan energi untuk inangnya. bakteri ini hidup di bulu kungkang, menyediakan suatu bentuk kamulflase.
Sianobakteri akuatik terkenal terbentuk baik di air tawar atau lingkungan perairan laut. Sianobakteri memiliki Blooming yang berwarna biru-hijau atau kuning-kecoklatan. Blooming ini mengandung racun, hingga perairan ditutup. Bakteriofage laut adalah parasit utama sianobakteri uniseluler yang hidup di laut,
Sianobakteri diklasifikasikan menjadi 5 kelompok, berdasar struktur tubuhnya yaitu: Stigonematales,Chroococcales, Pleurocapsales, Oscillatoriales, Nostocales, namun pengelompokan ini tidak tepat dan proses revisi dilakukan dengan bantuan teknik-teknik biologi molekular,
Beberapa sianobakteri yang ada di perairan menghasilkan geosmin, senyawa organik yang memicu aroma tanah/lumpur.
anabaena bersimbiosis pada akar sikas atau jaringan paku air Azolla dan membantu penyediaan nitrogen bagi inangnya.
Beberapa sianobakteria menghasilkan racun sel (sitotoksin),saraf (neutrotoksin), hati (hepatotoksin), yang membentuk endotoksin sehingga berbahaya bagi mahlukhidup,
Cyanobakteri satu-satunya kelompok organisme yang mampu me reduksi nitrogen dan karbon dalam kondisi tanpa oksigen (anaerob) atau dengan oksigen (aerob) , Sianobakteri melakukannya dengan mengoksidasi belerang (sulfur) sebagai pengganti oksigen. Penyematan nitrogen dilakukan dalam bentuk heterosista, sementara penyematan karbon dilakukan dalam bentuk sel fotosintetik, memakai fikosianin (khas kelompok bakteri ini) maupun pigmen klorofil ( tumbuhan hijau)
-------------------------------------------------------------------
BAKTERI STREPTOCOCCUS PYOGENESS
Klasifikasi ilmiah
Kingdom: Bacteria,Filum: Firmicutes,Kelas:Bacilli,Ordo:Lactobacillales,
Famili: Streptococcaceae,Genus:Streptococcus,Spesies:S. pyogenes,
Streptococcus pyogenes yaitu bakteri Gram-positif bentuk bundar dalam rantai panjang ,penyebab infeksi Streptococcus Grup A ,bakteri Streptococcus pyogenes menampakkan antigen grup A di dinding selnya dan beta-hemolisis saat dikultur di plat agar darah. Streptococcus pyogenes menghasilkan zona beta-hemolisis yang besar, gangguan eritrosit dan pelepasan hemoglobin, dinamakan Streptococcus Grup A (beta-hemolisis) , streptococcus bersifat katalase-negatif,
Serotipe
Pada tahun 1928, Rebecca Lancefield menjelaskan cara serotipe Streptococcus pyogenes berdasarkan pada protein M-nya, faktor virulensi yang ditampakkan di permukaannya. , pada tahun 1946, Rebecca Lancefield menjelaskan klasifikasi serologi isolasi Streptococcus pyogenes berdasarkan pada antigen T permukaannya. 4 dari 20 antigen T telah diketahui bersifat pilus, yang dipakai bakteri untuk berikatan dengan sel inangnya. sekarang, sudah lebih dari 100 serotipe M dan sekitar 20 serotipe T telah diketahui,
Patogenesis:
Streptococcus pyogenes penyebab banyak penyakit mulai dari infeksi kulit ringan hingga penyakit sistemik berbahaya , Infeksi berawal di tenggorokan atau kulit, Infeksi ringan Streptococcus pyogenes termasuk faringitis .radang kerongkongan, dan infeksi kulit impetigo , erisipelas dan selulitis dicirikan oleh perbiakan dan penyebaran samping Streptococcus pyogenes di lapisan dalam kulit, perbiakan Streptococcus pyogenes di fasia memicu fasitis nekrosis,
infeksi akibat strain tertentu Streptococcus pyogenes berhubungan dengan pelepasan toksin bakteri ,infeksi kerongkongan yang dihubungkan dengan pelepasan toksin tertentu memicu penyakit jengkering (scarlet fever). Infeksi toksigen Streptococcus pyogenes juga memicu sindrom syok toksik streptococcus,
Streptococcus pyogenes sensitif terhadap penisilin,kegagalan penisilin berhubungan dengan organisme yang menghasilkan β-laktamase ,strain tertentu kebal klindamisin, makrolid, tetrasiklin ,
Streptococcus pyogenes juga memicu penyakit sindrom non-pyogenik tidak dihubungkan dengan perbiakan bakteri dan pembentukan nanah setempat, komplikasi penyakit rematik dan glomerulonefritis pasca-streptococcus akut yang muncul beberapa minggu sesudah infeksi awal streptococcus. penyakit rematik dengan gejala peradangan sendi atau jantung
faringitis streptococcus penyebab infeksi kulit, Glomerulonefritis akut, peradangan glomerulus ginjal,
faktor virulensi Streptococcus pyogenes bisa berikatan inang, melawan respon imun, menyebar dengan melakukan penetrasi ke lapisan jaringan inang,kapsul karbohidrat yang terdiri dari asam hialuronat mengelilingi bakteri, melindunginya dari fagositosis oleh neutrofil , kapsul dan beberapa faktor yang melekat di dinding sel, termasuk protein F (SfbI) , protein M, asam lipoteikoat,
memfasilitasi perekatan ke sel inang , protein M menghambat opsonisasi oleh jalur komplemen alternatif dengan berikatan pada regulator komplemen inang, protein M yang ada di beberapa serotipe juga dapat mencegah opsonisasi dengan berikatan pada fibrinogen , namun, protein M juga titik terlemah dalam pertahanan patogen ini karena antibodi yang dihasilkan oleh sistem imun terhadap protein M sasarannya adalah bakteri untuk ditelan fagosit. protein M juga unik bagi tiap strain, dan identifikasi bisa digunakan secara klinik untuk menegaskan strain yang menyebabkan infeksi,
Streptococcus pyogenes mengeluarkan protein, faktor virulensi, kepada inangnya:
Streptolisin O dan S yaitu toksin dasar sifat beta-hemolisis organisme ini. Streptolisin O yaitu racun sel yang memengaruhi banyak tipe sel termasuk organella subsel,neutrofil, platelet,
mengakibatkan respon imun dan penemuan antibodinya; antistreptolisin O (ASO) dapat dipakai untuk menegaskan infeksi yang baru saja. Streptolisin O dapat meracuni jantung (kardiotoksik),
Eksotoksin Streptococcus pyogenes A dan C adalah superantigen yang disekresi oleh sejumlah strain Streptococcus pyogenes, Eksotoksin pyogenes pemicu sindrom syok toksik streptococcus dan ruam penyakit jengkering ,
Streptokinase secara enzimatis mengaktifkan enzim proteolitik dan plasminogen menjadi plasmin yang akhirnya mencerna fibrin dan protein lain,
Hialuronidase memfasilitasi penyebaran bakteri melalui jaringan dengan memecah asam hialuronat, namun, sedikit isolasi Streptococcus pyogenes yang bisa mensekresi hialuronidase aktif akibat mutasi pada gen yang mengkodekan enzim, apalagi, isolasi sedikit yang dapat mensekresi hialuronidase tidak tampak memerlukannya untuk menyebar melalui jaringan atau menyebabkan lesi kulit, sehingga, bila ada, peran hialuronidase dalam patogenesis tetap belum diketahui,
strain Streptococcus pyogenes cenderung mensekresikan lebih dari 4 DNase yang berbeda ( streptodornase) , DNase melindungi bakteri agar tidak terperangkap pada ekstraseluler neutrofil (NET) dengan mencerna jala NET di DNA, yang diikat pula serin protease neutrofil yang bisa melawan bakteri,
C5a peptidase membelah kemotaksin neutrofil kuat (C5a) yang diproduksi oleh sistem komplemen, C5a peptidase meminimalisasi aliran neutrofil di awal infeksi karena bakteri berusaha mengkolonisasi jaringan inang,
Kemokin protease streptococcus
Jaringan pasien yang terkena dengan kasus fasitis nekrosis parah sama sekali tidak ada neutrofil. Serin protease ScpC, yang dilepas oleh Streptococcus pyogenes, bertanggung jawab mencegah migrasi neutrofil ke infeksi yang meluas. ScpC mendegradasi kemokina IL-8, yang sebaliknya menarik neutrofil ke tempat infeksi. C5a peptidase, meskipun diperlukan untuk mendegradasi kemotaksin neutrofil C5a di tahap awal infeksi, tak diperlukan untuk Streptococcus pyogenes mencegah aliran neutrofil karena bakteri menyebar melalui fasia.
Diagnosis
Biasanya, usap tenggorokan dibawa ke laboratorium untuk diuji. Pewarnaan Gram diperlukan untuk memperlihatkan Gram-positif, coccus, dalam bentuk rantai. Kemudian, organisme di agar darah dikultur dengan tambahan cakram antibiotik basitrasin untuk memperlihatkan koloni beta-hemolisis dan sensitivitas (zona inhibisi sekitar cakram) antibiotik. Lalu dilakukan uji katalase, yang harus menunjukkan reaksi negatif untuk semua Streptococcus. Streptococcus pyogenes bersifat negatif untuk uji cAMP dan hipurat. Identifikasi serologi atas organisme itu melibatkan uji untuk adanya polisakarida spesifik grup A dalam dinding sel bakteri menggunakan tes Phadebact. Karena uji tindak pencegahan juga dilakukan untuk memeriksa penyakit penyakit seperti, namun tak terbatas pada, sifilis, dan nekrosis avaskular, dan kaki pekuk.
BAKTERI MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
Klasifikasi ilmiah
Kingdom: Bacteria,Filum: Katok,Ordo: Actinomycetales,
Subordo: Corynebacterineae,Famili: Mycobacteriaceae,
Genus: Mycobacterium, Spesies: M. tuberculosis,
Mycobacterium tuberculosis atau abasilus Koch yaitu pertama kali ditemukan pada tanggal 24 Maret 1882 oleh Robert Koch,
bakteri ini penyebab penyakit tuberkulosa,
BAKTERI VIBRIO CHOLERAE
Klasifikasi ilmiah
Kingdom:Bacteria,Filum:Proteobacteria,Kelas:Gamma Proteobacteria,
Ordo:Vibrionales,Famili:Vibrionaceae,Genus:Vibrio,Spesies:V. cholerae,
V. cholerae ditemukan pertama kali oleh Filippo Pacini ahli anatomi dari Italiapada tahun 1854
Vibrio cholerae adalah bakteri motil dapat bergerak gram negatif,
tumbuh di lingkungan akuatik berasosiasi dengan eukariot,
dengan struktur antogenik dari antigen kemoorganotrof,flagelar H dan antigen somatik O, gamma-proteobacteria dan mesofilik ,berbentuk batang yang melengkung ,Vibrio patogenisitasnya pada manusia, terutama Vibrio cholerae penyebab penyakit kolera , bakteri ini baru terkenal setelah Robert Koch, yang mempelajari penyakit kolera di Mesir, pada tahun 1883,
untuk identifikasi fenotipe V. cholerae yaitu uji lisin dekarboksilase dan ornitin (arginin) dekarboksilase, oksidase, Kliger Iron Agar (KIA), dan uji indol. V. cholerae akan menunjukkan hasil positif pada keempat uji biokimia tersebut. Hasil positif untuk uji oksidase dan uji lisin dan arginin dekarboksilase adalah terbentuknya warna ungu tua. Untuk uji indol, akan terbentuk warna merah keunguan pada permukaan,Pada uji KIA, tidak terbentuk gas, dengan slant (bagian permukaan media) berwarna merah (bersifat basa) dan butt (bagian dasar media) berwarna kuning (bersifat asam).,
untuk isolasi dan pemurnian pertumbuhan vibrio menggunakan media Thiosulfate-citrate-bile salts agar (TCBS) ,sukrosa sebagai sumber karbon akan berwarna hijau , sedangkan yang lainnya berwarna kuning, beberapa mikroba yang dapat tumbuh pada media ini, yaitu Shewanella, Staphylococcus, Flavobacterium , Pseudoalteromonas ,
untuk perbanyakan Vibrio, digunakan media Alkaline Peptone Water (APW) yang memiliki pH relatif tinggi, yaitu 8.4 dan mengandung NaCl 2%. pertumbuhan vibrio bisa pada suhu 20 hingga 35oC.
![bakteri 1](https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEim75P6LXz6OCHuUKcUMZ4hUWDW775mGf9CI5dHId9melyjJu1kAS2wfEZV9On_4E4Rq0hFbbUty9_HBFD1_fDWMtS7YZ491Zke4co9GFIgJsMIvnyp6SA4WW57zMJpLCFiTGdarU_FcZTJ/s72-c/animasi-bergerak-kucing-0013.gif)